循環(huán)冷卻水系統(tǒng)中出現(xiàn)的原生動物有纖毛蟲、鞭毛蟲、肉足蟲及輪蟲四類。小型動物有小型甲殼類。原生動物也有著生和自由生活類之分，可以生活在水中，也可以生活在污垢中，冷卻塔壁的污垢中最常見，水池的污垢中也常見，偶爾在水冷卻器的污垢中也能見到。因為原生動物和小型動物的食物是菌藻，所以多出現(xiàn)在菌藻繁殖快、數(shù)量多的季節(jié)。如某廠在好氣異養(yǎng)菌、藻類和真菌較多的季節(jié)就出現(xiàn)原生動物和小型動物，當菌藻不太多時就不出現(xiàn)。目前生產(chǎn)廠對循環(huán)冷卻水系統(tǒng)中的原生動物和小型動物多未監(jiān)測。它們有消滅菌藻的作用，如輪蟲是雜食微型動物，被稱為清道夫，可以食用一切雜蟲、有機碎渣、菌藻和動膠菌屬。所以，很難說原生動物和小型動物是否會對循環(huán)冷卻水系統(tǒng)造成明顯危害。但它們對污水處理系統(tǒng)確有影響。在某些曝氣池的污泥中有大量原生動物，數(shù)量由每毫升數(shù)千到數(shù)萬個。

昆蟲雖不屬于微生物的范疇，但在循環(huán)冷卻水系統(tǒng)中造成的生物危害也與微生物相似，有時危害也很嚴重。有些環(huán)境中昆蟲較多，特別在南方地區(qū)夏季昆蟲大量繁殖，往往隨空氣帶入冷卻塔進入循環(huán)系統(tǒng)。較常見的甲殼蟲類危害較大。某種甲殼蟲的直徑約10～20mm，大小與水冷卻管的內(nèi)徑相近，長度約20～30mm，能夠堵塞管程換熱器的管口，阻止水流通，也能沉積在殼程換熱器的管間，因而影響傳熱，使換熱器超溫，同時造成垢下腐蝕。昆蟲的生物性質(zhì)帶來的特殊危害是：在水中緩慢解肢腐爛，腐殖質(zhì)使水中產(chǎn)生咖啡色的泡沫，水中的有機物質(zhì)（COD）含量增高。有時候甚至在甲殼蟲進入系統(tǒng)之后兩個月才發(fā)生大量泡沫，泡沫甚至影響到系統(tǒng)中液位計的準確性。

防止昆蟲危害最有效的措施是嚴格燈火管制。即在塔區(qū)（冷卻塔附近）夜間不能開燈，或在塔周圍設殺蟲燈或探照燈將昆蟲引離冷卻塔。就是說，預防昆蟲進塔最重要。其次是，必須加強循環(huán)水泵前濾網(wǎng)的管理，濾網(wǎng)如有破損需及時檢修。還應隨時清理附著在濾網(wǎng)上的昆蟲尸體。甲殼蟲雖不能穿過濾網(wǎng)，但長期附著在濾網(wǎng)上會慢慢解肢腐爛，最后還會隨水流進入循環(huán)系統(tǒng)，造成危害。

當甲殼蟲已經(jīng)進入系統(tǒng)時，要在不停車的情況下將其清除出系統(tǒng)是十分困難的工作。采取的措施可用換熱器反向沖洗或殼程換熱器空氣攪動，然后就地排污。但徹底清除還需停車處理。使用殺生劑不能清除甲殼蟲。