循環(huán)冷卻水中的微生物主要來自兩個方面：一是冷卻塔在水的蒸發(fā)過程微生物隨空氣進入水中；二是冷卻水系統(tǒng)的補充水或多或少都會有微生物。

充足的日光照射、溫度、pH值和營養(yǎng)成分都為微生物提供生長和繁殖的理想溫床。而直流水系統(tǒng)沒有空氣冷卻的蒸發(fā)過程，只有隨水流帶入的微生物，而且直流水系統(tǒng)所提供的微生物繁殖的條件不如循環(huán)水，即適宜的水溫、pH值和營養(yǎng)成分。循環(huán)水加入的藥劑和工藝泄漏物有時也會成為微生物的營養(yǎng)成分，促進微生物生長。

因為循環(huán)水的運行邏輯，循環(huán)水排出的污水，又返回系統(tǒng)循環(huán)，造成惡性循環(huán)，而在直流水中繁殖起來的微生物立即排走了。所以循環(huán)水的微生物危害比直流水嚴重得多，而且濃縮倍數(shù)越高越嚴重。如有些循環(huán)水系統(tǒng)，補充水中的好氣異養(yǎng)菌總數(shù)只有102～103個/mL，但循環(huán)水中的好氣異養(yǎng)菌總數(shù)可達105個/mL以上，如殺生不利甚至高達108個/mL，這就造成系統(tǒng)中微生物的嚴重危害。