冷卻塔運(yùn)行一定時(shí)間后，塔的木結(jié)構(gòu)會(huì)因受真菌侵蝕而腐蝕。這些微生物滋生在水浸不到的地方，因這些部位水中的殺生劑達(dá)不到。收水器、通風(fēng)筒、配水池以及強(qiáng)制通風(fēng)的其他部分，尤易受到真菌的侵蝕。有些木質(zhì)冷卻塔通常是用有抗真菌性能的紅杉心木建成，塔內(nèi)所用的木材在安裝成構(gòu)筑物之前用殺真菌的木材防腐劑加壓處理。但是這些防腐劑在使用多年之后將從木材內(nèi)瀝濾出，或是在運(yùn)輸和安裝過(guò)程中，木材防腐劑受損，從而易受真菌感染，真菌可導(dǎo)致木材嚴(yán)重?fù)p壞。常見的侵害有表面腐爛軟化的軟腐病，以及從內(nèi)部破壞纖維素的白腐病。所以對(duì)于木質(zhì)冷卻塔進(jìn)行定期的檢查和噴藥滅菌處理是很有必要的。噴藥的部位為全部木質(zhì)結(jié)構(gòu)，特別要注意平時(shí)水浸不到的地方?，F(xiàn)在國(guó)內(nèi)很多工廠已對(duì)木質(zhì)冷卻塔每年進(jìn)行一次噴灑藥劑處理。

冷卻塔噴灑藥劑的工作一般是在停車大檢修中進(jìn)行，塔內(nèi)停水并清掃沖洗干凈后開始噴灑藥劑。常用的是含雙氯酚的溶液（即NL－4殺菌劑）。因該藥劑有毒性并能刺激皮膚和呼吸道，故工作人員在噴灑時(shí)要做好防護(hù)措施。

噴藥處理雖達(dá)不到徹底消除真菌危害的目的，但可防止局部受侵蝕的木材加速侵蝕，適當(dāng)延長(zhǎng)使用壽命。特別是噴藥處理時(shí)徹底清除了塔中附著的黏泥，進(jìn)行了較徹底的全面殺菌，故大檢修后相當(dāng)長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)（幾個(gè)月）系統(tǒng)中微生物危害程度往往大幅降低，菌數(shù)較少。